חדירת גורמים הקשורים לאל-קאעדה לדרום סוריה ולסיני מעוררת שאלות בדבר יכולותיה של תנועה זו כיום. במה כוחה ובמה חולשתה? התשובה, במשפט אחד, היא שהמנגנון המרכזי של אל-קאעדה נחלש אולם סניפי התנועה הפזורים באזורים שונים באסיה ובאפריקה הולכים ומתחזקים. היחלשות המנגנון המרכזי נגרמה בשל המאמץ הבלתי פוסק של רשויות הביטחון בעולם כולו, המשתפות פעולה זו עם זו ברדיפת התנועה ובחיסול מנהיגותה. המקרה הידוע ביותר הוא, כמובן, חיסולו של אוסאמה בן לאדן עצמו. כוחות הביטחון המערביים אינם מרפים ממנהיגי הארגון ופוגעים בהם ככל האפשר.
מנהיגותה המרכזית של אל-קאעדה אף נאלצת להתמודד עם הקושי הכרוך בהעברת הוראות למפקדים בשטח ועם חוסר הציות של מפקדים אלה. דוגמה לכך ניתן לראות בניסיונו של המנהיג הנוכחי של אל-קאעדה, איימן זוואהרי, לגשר בין שני ארגונים של אל-קאעדה הלוחמים בסוריה, "המדינה האסלאמית בעיראק וא-שאם" (דַאעֶ"ש) ו"א-נוסרה". הניסיון כשל, ולמעשה הוכח שמפקדי הלוחמים בשטח הם אלה שקובעים את מדיניותם של הארגונים השונים.
זוואהרי אף נכשל בניסיונו להכתיב לארגונים המקומיים את סוג הפיגועים שעליהם לבצע. מזה זמן רב שמנהיג אל-קאעדה מנסה למנוע פעולות הכרוכות בפגיעה בחפים מפשע; הוא הבין שפיגועי הראווה הללו מחבלים בסופו של דבר בשמו של הארגון ומרחיקים ממנו תומכים פוטנציאליים. אולם גם כאן המפקדים בשטח אינם משתפים פעולה עמו ונוהגים בניגוד להוראותיו.
כישלונה של המנהיגות המרכזית של אל-קאעדה מבליט את הצלחתם היחסית של גורמים מקומיים הקשורים בארגון והמנסים לחדור לאזורים הסובלים מתת-משילות. כך, לדוגמה, בדרום סוריה ובסיני ניצלו ארגונים אסלאמיסטיים קיצוניים את הוואקום השלטוני והצליחו להשתלט על מרחבים שלמים, ובתימן ובמדבר סהרה מבצעים ארגונים הקשורים באל-קאעדה כמה פיגועים בכל שבוע. מפקדיהם של ארגונים מקומיים אלה עושים ככל העולה על רוחם – גם אם פירוש הדבר הוא להמרות את פיו של המנהיג, זוואהרי.
הארגונים המקומיים אינם חוששים להמרות את פיה של המנהיגות המרכזית הודות לעצמאותם הכלכלית. סניפי אל-קאעדה בצפון אפריקה ובתימן פיתחו סדרה של אמצעים שדרכם הם מגייסים כספים: חטיפות למטרות קבלת כופר, פשיעה, גניבות של כרטיסי אשראי. בסוריה, גורמי אל-קאעדה הנלחמים נגד אסד והעלווים מחד גיסא ונגד חזבאללה והשיעים מאידך גיסא זוכים לתרומות פרטיות מנסיכויות המפרץ, ובסיני, מקור ההכנסה העיקרי הוא ההברחות. לאור יכולתם לגייס מקורות מימון משלהם, מנהיגי הארגונים המסונפים לאל-קאעדה אינם מוכנים לקבל הנחיות מן המוסדות המרכזיים של התנועה.
החדשות הרעות אפוא הן שארגונים המסונפים לאל-קאעדה ומזדהים עם האידיאולוגיה הלוחמנית שלו מסוגלים לחדור בקלות יחסית לאזורים מוסלמיים הסובלים ממשילות נמוכה ולהתבסס בהם. בהופעתם של כוחות אלו בגבולותיה הצפוניים והדרומיים של מדינת ישראל יש משום איום בפוטנציה, העלול להיות לאיום בפועל בתוך תקופה קצרה.
יחד עם זאת חשוב לשים לב לכך שהארגונים המקומיים מתקשים בהקמת היררכיה מנהיגותית ובשיתוף פעולה זה עם זה. הפיצול לארגונים שונים וחוסר היכולת לתאם ביניהם, כפי שניתן לראות בסוריה, מציבים בפני מנהיגי אל-קאעדה אתגר פיקודי מסובך. דומה שאל-קאעדה מתקשה לבנות ארגון מרכזי חזק שיוכל, בכוחות משותפים, להגיע להישגים אסטרטגיים. בנוסף על כך, אל-קאעדה התקשה עד כה בביצוע פיגועים שיעמידו בסכנה את המשטרים במדינות הללו, ונדמה גם שכבר אינו מסוגל כלל להגיע למערב ולפגוע בו.
אל-קאעדה יישאר בשנים הקרובות במזרח התיכון ובאפריקה, אף על פי שפעם אחר פעם מתברר כי אינו מסוגל להקים יחידות פוליטיות באזורים אלה. בתמצית, אל-קאעדה נהנה מהישגים טקטיים מקומיים, אך הוא אינו יכול לתרגם אותם לתהליכים אסטרטגיים ארוכי טווח.
