בינואר 2006 נערכו בחירות בגדה המערבית. בבחירות האלה נבחרו שלושה תושבים ממזרח ירושלים לפרלמנט מטעם רשימת "הרפורמה והשינוי", המזוהה עם ארגון חמאס. תושב נוסף, ח'אלד אבו ערפה, מונה לשר בממשלת הרשות הפלסטינית מטעם אותה הרשימה.
ביוני 2006 ביטל שר הפנים דאז את רישיון ישיבת הקבע של הארבעה ושל בני משפחותיהם בעילה של "הפרת אמונים" בשל כהונתם במשרות האמורות. הארבעה עתרו לבית המשפט העליון. ההליכים בתיק נמשכו כ־11 שנים, ובמהלכן נעצרו הארבעה, נשפטו וישבו במעצר מנהלי, כל אחד מהם וסיפורו. מאז שחרורם שוהים כולם בגדה המערבית.
במרס 2017 קיבל בית המשפט העליון את העתירה ברוב דעות. עמדתם של שופטי הרוב הייתה שביטול תושבות קבע היא פגיעה קשה בזכויות חוקתיות, במיוחד כאשר מדובר בתושבים שהם ילידי המקום ומתגוררים בו עם משפחותיהם זה דורות, ובלא תושבות הקבע ייוותרו נטולי מעמד לחלוטין. יתר על כן, שופטי הרוב סברו ש"הפרת אמונים" היא מושג מעורפל, במיוחד ביחס למי שאינם אזרחים ושישראל אף מכירה בזיקתם לגדה המערבית.
נוכח חומרת הפגיעה ואי־בהירות העילה, סברו שופטי הרוב שכדי לאפשר ביטול תושבות בשל הפרת אמונים יש צורך בחקיקה מפורשת של הכנסת, ולא די בסמכות הכללית שחוק הכניסה לישראל מעניק לשר הפנים.
עמדת שופטי המיעוט הייתה שאמנם גבולות המושג "הפרת אמונים" מעורפלים, אך הוא בוודאי כולל פעילות, ולו פוליטית, מטעם ארגון ששם לו למטרה להשמיד את מדינת ישראל. עוד סברו שופטי המיעוט שהפגיעה בזכויותיהם של העותרים אינה חמורה מאוד, שכן יש להניח שהם זכאים למעמד כלשהו בגדה המערבית נוכח מעמדם ברשות הפלסטינית, וכיוון שלא ברור שעל הפרק עומד גירושם מישראל, אלא ש"עיקר פעלה של החלטת השר [היא] שלילת ההטבות הניתנות על־ידי מדינת ישראל", כדברי השופט רובינשטיין.
בעקבות פסק הדין אימצה הכנסת את תיקון מס' 30 לחוק הכניסה לישראל, ובו קבעה את סמכותו של שר הפנים לבטל תושבות קבע "אם הוכח להנחת דעתו כי בעל הרישיון עשה מעשה שיש בו משום הפרת אמונים למדינת ישראל". הפרת אמונים היא "מעשה טרור כהגדרתו בחוק המאבק בטרור, התשע"ו-2016, סיוע או שידול למעשה כאמור, או נטילת חלק פעיל בארגון טרור או בארגון טרור מוכרז כהגדרתם בחוק האמור", או מעשה שהוא בגידה או ריגול חמור לפי חוק העונשין, התשל"ז-1977. יש לזכור שהאוכלוסייה העיקרית של תושבי קבע בישראל היא תושבי מזרח ירושלים, והיא האוכלוסייה שיוזמי החוק כיוונו אליה.
החוק קובע שכשמדובר בתושב ש"בעת ביצוע המעשה חלפו למעלה מ־15 שנים מהמועד שבו קיבל את הרישיון", או ש"בעת לידתו היה אחד מהוריו בעל רישיון לישיבת קבע", הביטול טעון הסכמה של שר המשפטים, וכן של ועדה המייעצת לשר מכוח חוק האזרחות. הוראה זו חלה על רוב תושבי מזרח ירושלים, בהיותם תושבי קבע בישראל מ־1967, או מכוח היות אחד מהוריהם (לפחות) תושב קבע.
אשר לאפשרות שאדם ייוותר ללא כל מעמד שהוא, החוק קובע שאם לאחר הביטול האדם יוותר "בלא רישיון לישיבת קבע מחוץ לישראל, בלא אפשרות לרכישת זכות לישיבת קבע מחוץ לישראל או בלא אזרחות", ייתן לו השר רישיון לישיבה – שאינה ישיבת קבע – בישראל.
מה שנראה על פניו כהסדר מפורט ומדוקדק של עילת הביטול והליכיו, לרבות סייגים לביטול, מעניק, למעשה, לשר הפנים (באישור שר המשפטים והוועדה המייעצת) סמכות דרקונית. ראשית, "הפרת חובת אמונים" מוגדרת בעיקרה בזיקה לעבירות פליליות חמורות, אך ביטול התושבות אינו מותנה בהרשעה או אפילו בהעמדה לדין. יש להניח שדי בראיות מנהליות לאחד המעשים האמורים, כלומר ראיות שמשמעותן רף הוכחה נמוך.
יתר על כן, "נטילת חלק פעיל בארגון טרור" אינה בהכרח עבירה אפילו על פי חוק המאבק בטרור עצמו. חוק הכניסה פותח אפוא פרצה רחבה לביטול תושבות גם של מי שפועל כחוק, ובלבד שאפשר לקשור את פעילותו לארגון טרור על פי אמות מידה שטיבן אינו ברור. במילים אחרות, שיקול דעתו של השר רחב מאוד.
שנית, לרוב תושבי העיר אין אזרחות או זכות לתושבות מחוץ לישראל, ולכן ברוב המקרים שבהם תבוטל תושבות יתעורר הצורך להמיר את רישיון ישיבת הקבע שלהם ברישיון ישיבה אחר. משום כך, הסדרת ההמרה היא מרכיב מרכזי בחוק.
זה אינו שינוי פורמלי בלבד של סוג הרישיון. משמעות ההמרה היא שאדם שרישיון ישיבת הקבע שלו נשלל יוכל להישאר בשטח, אך לא יוכל ליהנות מזכויות המותנות בתושבות קבע, ובראש ובראשונה מזכויות סוציאליות. זה אינו צעד שמטרתו הבטחת הביטחון ושמירת הסדר הציבורי – שהרי לשם כך יש לגרש את התושב, או לכל הפחות למנוע ממנו את חירות הפעולה – אלא ענישה ללא משפט בשלילת זכויות יסוד. מטריד במיוחד ששופטי המיעוט בבית המשפט העליון בפרשת אבו ערפה סברו שסנקציה כזאת היא סנקציה לגיטימית.
קשה להפריז בחומרת הפגיעה של חקיקה זו בשלטון החוק המהותי. שר הפנים רשאי לפגוע ביכולת הקיום הבסיסית של תושב שלדעת השר ביצע את אחד המעשים המנויים בחוק. חרב זו מתנופפת מעל ראשו של כל תושב, בין שהחוק יופעל לעתים קרובות, בין שלא ייעשה בו שימוש תכוף. המסר ברור: מוטב לתושבי מזרח ירושלים שלא לעסוק בפעילות שאינה מוצאת חן בעיני הרוב הפוליטי, כי לשר הפנים סמכות לפגוע בהם גם אם מעשיהם חוקיים. כך נראית רדיפה בחסות החוק.