פיגועי ה-11/9 חיזקו את ידיהם של קיצונים דתיים, נוצרים ומוסלמים, אך באופן אירוני גם את ידיהם של אתאיסטים ברחבי העולם, לרבות בקרב מוסלמים. הטרור הביא את כלל המוסלמים להתחבט בשאלות של מוסר והלכה; היו שמצאו מענה לשאלותיהם בקוראן ובחדית' באופן עצמאי, היו שקיבלו תשובות מפיהם של פוסקי הלכה שונים, ואחרים נותרו במפח נפש גדול ופנו לאתאיזם. קשה למצוא נתונים על מספר המוסלמים שהפכו לאתאיסטים במהלך שני העשורים האחרונים. ממקורות מערביים עולה כי בשנת 2015 התגוררו בארצות ערב כאלפיים אתאיסטים מתוך 300 מיליון איש. אם מביאים בחשבון את מדינות אסיה, במיוחד את הרפובליקות האסלאמיות מחבר העמים לשעבר, המספר גדול יותר.
בכווית, בקטר, בערב הסעודית ובאמירויות קבוע בחוק עונש מוות לכופרים בדת. בשנים האחרונות פורסמו בערב הסעודית תקנות המגדירות אתאיסטים כטרוריסטים וכאיום לאומי. הם נמצאים תחת מעקב צמוד מצד רשויות המדינה, נעצרים לעתים ללא כל סיבה נראית לעין (די בהלשנה מצד בני משפחה או שכנים) ונכלאים עד שנגזר עליהם עונש מוות. גם במערב מתקיים "משפט פנימי" במרחב הפרטי, החבוי מעיני הממשלה, שבסופו נזרקים אתאיסטים מחוץ למסגרת המשפחתית ומחוץ למסגרת הקהילתית האסלאמית, ומוצאים את עצמם בבידוד מוחלט. כמהגרים, סיכוייהם לשרוד במדינה זרה ללא תמיכת המשפחה הגרעינית הם קלושים.
צווים ותקנות ממלכתיות, התנכלויות ו"משפט פנימי" ניזונים כולם מהדיון ההלכתי העכשווי. שמרנים רואים באתאיזם איום על הדת ועל אומת האסלאם, בדומה לאיום הקומוניסטי שריחף מעל העולם המוסלמי בתקופת המלחמה הקרה. שתי האידיאולוגיות ש"יובאו מהמערב" קראו, כל אחת בתורה, למהפכה בעולם האסלאם שתוצאתה חורבן וכאוס. בפסיקות שדנו בשאלת החטא החמור יותר – אתאיזם או פוליתאיזם – הסתמכו חכמי הלכה שמרנים על חיבוריו של אבן תיימיה וטענו כי אדם שאינו מאמין באף אל כופר יותר מהמאמין בריבוי אלילים. גם אתאיסט ישר דרך ועושה טוב לא נוקה, משום שאם אינו מכיר באל כיוצרו אין משמעות או ערך למעשיו הטובים. פוסקים שמרנים מבטלים את תוקפם של נישואין לאתיאיסט/ית, וקובעים כי נשים אתאיסטיות מביאות כלימה על משפחותיהן משום שזנחו את ערכי המוסר והדת.
גם השיח האסלאמי המתון אימץ את הקו הנוקשה כלפי הכופרים בדת, ובמיוחד כלפי האתאיסטים. יוסף אל-קרדאווי פסק כי האתאיזם והחילוניות מתכחשים לאסלאם ולשריעה והביע תמיכה בעונש כבד לכופרים, בהסתמך על חדית' המספר כי הח'ליפה עלי הורה לשרוף אדם שהתגלה כאתאיסט. אולם יש פוסקים מתונים המבחינים בין צדיקים ורשעים בקבוצת האתאיסטים, וסבורים כי אתאיסטים ישרי דרך ועושי טוב זכאים להבטחת שלומם ובטחונם בעולם הזה, אף אם אין להם חלק בעולם הבא. אחרים הזכירו כי בקוראן לא כתוב שעונשה של כפירה בדת הוא מוות.
המתח בין המוסלמים לבין בני דתם שהפכו אתאיסטים דוחף חכמי הלכה מתונים לנסות ולהשפיע בראש ובראשונה על הורדת מפלס האלימות, אך גם לתת מענה למוסלמים שתעו בדרכם הרוחנית. בדרך הומוריסטית הם קוראים לברך את האתאיסט המתחיל על דבקותו בחלק הראשון בשהאדה, "אין אלוה", כך שכעת נותר רק לשכנעו בחלק השני, "מלבד אללה".
האתאיסטים, מצדם, לא ששים "לצאת מן הארון", משום שהדת היא חלק בלתי נפרד מהיבטים שונים בחייהם כמו זוגיות ומשפחה, חיי קהילה ותרבות. הם מציעים למצטרפים החדשים לחיקם לנהוג זהירות ולא להכריז ברבים על אתאיזם, אלא להציג את עצמם כ"פרוגרסיבים" או "רפורמים". רוב פעילותם היא באמצעות האינטרנט, המאפשר חשאיות ואנונימיות. באירופה, בקנדה ובארצות הברית פעילים מספר גרעינים של מוסלמים שהפכו לאתאיסטים, אך אין מידע על קיומן של התארגנויות כאלה בארצות בעלות רוב מוסלמי.
מוסלמים שהפכו לאתאיסטים מעדיפים לפעול בחשאי ולתרום לשינוי חברתי וחינוכי, מאשר להיחשף ולהיכנס לדיון ציבורי על מהימנותן של אמיתות דתיות שמבחינתם הן ממילא חסרות טעם.
