הוצאת הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית בישראל מחוץ לחוק היא החלטה בעייתית שחסרונותיה עולים על יתרונותיה. האידיאולוגיה של התנועה מבוססת על תורת האחים המוסלמים; היא אינה מכירה בזכות קיומה של מדינת ישראל ושואפת להפכה לח'ליפות אסלאמית. הפלג הצפוני פועל לבידול האוכלוסייה המוסלמית ממוסדות המדינה, מפעיל מערכת תעמולה נרחבת סביב אל-אקצא ופועל בזירה הבין-לאומית להחרמת מדינת ישראל.
עם זאת, מן ההיבט המשפטי הדרך הנכונה לטיפול בפלג הצפוני אינה מאבק בתנועה עצמה, אלא מאבק ממוקד באלה מקרב פעיליה המעורבים בהסתה במסגדים, במוסדות החינוך ובתקשורת. למהלך שנקטה הממשלה עלולות להיות מספר השלכות שליליות.
ראשית, התנועה האסלאמית בישראל יכולה לפנות לבית המשפט העליון ולשמוט את בסיס הלגיטימיות של הנימוק האידיאולוגי וטיעון החתרנות הפוליטית, בין על ידי ביסוס הזיקה האידיאולוגית בין שני פלגי התנועה ובין בביסוס דמיון בין רעיון הקמת הח'ליפות האסלאמית לרעיון הקמת מלכות ישראל, הנתמך על ידי הימין היהודי הרדיקלי.
שנית, חברי ועדת המעקב העליונה של הערבים בישראל עלולים להתגייס להגנת הפלג הצפוני, החבר בוועדה, והעימות הפוליטי שיתפתח עלול לגלוש להתנגשויות אלימות בין ערבים ליהודים. לצד זאת, פעילים מתוך התנועה עלולים להקצין ולמצוא קורת גג חדשה בקרב הסלפיה הג'יהאדיה. אתגר כזה יהיה גדול הרבה יותר למדינה מאתגר הפלג הצפוני, הן מבחינה פוליטית ובטחונית הן מבחינת הקצאת משאבים להתמודדות עמו.
שלישית, ניהול משא ומתן מדיני עתידי עם ממשלת אחדות לאומית פלסטינית שתכלול את חמאס תציג את ההחלטה הישראלית כמגוחכת. חמאס והתנועה האסלאמית בישראל, יש לזכור, נולדו שתיהן מרחמה של תנועת האחים המוסלמים.
מעבר לכל זאת, חשוב לזכור כי הנהגת התנועה האסלאמית בישראל מקפידה לשמור את צעיריה מחוץ למעגלי האלימות. רוב המתפרעים בהפרות סדר בקרב האוכלוסיה הערבית בישראל, בעבר הרחוק והקרוב, היו חילונים ולא דתיים. תנועת בל"ד החילונית, למשל, בוטה הרבה יותר מהתנועה האסלאמית בעמדותיה הפוליטיות: היא קוראת לצעיריה בפומבי לפתוח בהתקוממות עממית, מעודדת הקמת ועדות עממיות בישובים הערבים דוגמת אלה שפעלו באינתיפאדה הראשונה, וקוראת להרחבת מסע ההסברה לחרם נגד ישראל. האם הממשלה שוקלת להוציאה אל מחוץ לחוק?