ב־15 בינואר 2019 אירע פיגוע טרור במתחם התיירות "דוסיט" שבניירובי בירת קניה. בפיגוע נהרגו 21 בני אדם, ובהם גם אזרח יהודי אמריקאי. נוסף על כך חוסלו חמישה טרוריסטים ולפחות 30 אזרחים נפצעו. ארגון הטרור אל־שבאב, ארגון המסונף לאל־קאעדה שבסיסו בסומליה, קיבל אחריות לפיגוע. בקבלת האחריות שפרסם טען הארגון שהמניע לפיגוע הוא נקמה על ההכרה של ממשל טראמפ שירושלים היא בירת ישראל ועל החלטה להעביר את שגרירות ארצות הברית מתל אביב לירושלים.
ארגון אל־שבאב נוקט עמדה פרו־פלסטינית ואנטי־ישראלית עקבית, מארגן תהלוכות נגד ישראל ומצהיר על נחישותו להילחם בישראל כדי לגרשה מהמקומות הקדושים ולהגן על מסגד אל־אקצא. השאלה היא אם עמדה זו משקפת את יחסה של סומליה לסוגיה הפלסטינית ולמדינת ישראל.
בשטח סומליה יש היום שתי מדינות – סומליה וסומלילנד – ולכל אחת מהן יחס אחר לישראל. מינואר 1991 ועד 2012 השתוללה בסומליה מלחמת אזרחים, והיא הסתיימה בהקמת הממשלה הפדרלית של סומליה. ממשלה זו זכתה בהכרת הקהילה הבין־לאומית, אך היא שולטת רק במוגדישו הבירה ובסביבותיה. שאר שטח סומליה מחולק לחמישה מחוזות אוטונומיים (הכפופים לממשלה הפדרלית), ובצפון מערב הוקמה מדינת סומלילנד. סומלילנד הכריזה על עצמאות ב־1991, אך לא זכתה להכרה בין־לאומית או להכרה מצד ממשלת סומליה.
חשוב לציין שסומליה ומאוריטניה היו שתי המדינות היחידות באפריקה שמדרום לסהרה שישראל לא קשרה עימן יחסים דיפלומטיים בשנות השישים של המאה הקודמת, כאשר מרבית מדינות אפריקה זכו בעצמאות. שתי המדינות האלה היו ועודן המדינות היחידות שכמעט כל תושביהן מוסלמים ושיש בהן השפעה ערבית חזקה. ב־1967 גורשו כל היהודים מסומליה בעקבות מלחמת ששת הימים, ומאז ועד פרוץ מלחמת האזרחים הייתה סומליה בין המדינות האפריקניות שהובילו קו נוקשה נגד ישראל ובעד הפלסטינים בזירה הבין־לאומית.
היום הממשלה הפדרלית של סומליה והפרלמנט מביעים עמדה מוצהרת בעד הסוגיה הפלסטינית, ומשמיעים אותה גם בפורומים ערביים ובין־לאומיים. למשל, ב־8 בדצמבר 2017 גינתה ממשלת סומליה בתוקף את החלטת טראמפ בעניין ירושלים ואת העברת השגרירות, הדגישה את תמיכתה בסוגיה הפלסטינית ואת עמידתה לצד העם הפלסטיני, וקראה למדינות הערביות והאסלאמיות בפרט ולעולם בכלל להכפיל את המאמצים למציאת פתרון לסוגיה בדרכי שלום. במקרה אחר, ב־21 ביולי 2018, הדגיש יו"ר המשלחת הסומלית למפגש החירום בקהיר של יושבי ראש הפרלמנטים הערביים את תמיכת סומליה בכל ההחלטות התומכות בסוגיה הפלסטינית. על פי אתר האינטרנט של רדיו "שבלה" מ־6 בדצמבר 2017, סירב נשיא סומליה מוחמד עבדולאהי פרמאג'ו מוחמד להיפגש עם ראש הממשלה נתניהו במהלך ביקור נתניהו בקניה. פרמאג'ו זכה על כך לתשבחות מהחמאס.
למרות העמדה הרשמית הזאת, ואף על פי שמאפריל 2012 יש לרשות הפלסטינית שגריר במוגדישו הממשלה הפדרלית של סומליה מעוניינת ביחסים כלשהם עם ישראל, במיוחד בשל הידע והניסיון שצברה ישראל בתחום הלוחמה בטרור, בפיתוח ובשיקום. ב־5 ביולי 2016 דווח בתקשורת הישראלית ובתקשורת הסומלית על פגישות בין נתניהו לבין נשיא סומליה לשעבר חסן שייח' מוחמוד בעת ביקורו של נתניהו בניירובי, אולם לאחר מכן הכחיש משרד החוץ הסומלי את הדיווחים.
התקשורת הסומלית מסקרת מדי פעם את תגובות חכמי הדת המוסלמים על המתרחש ברשות הפלסטינית. למשל, ב־23 ביולי 2017 פרסם האתר הסומלי Goobjoog News שחכמי דת בסומליה גינו את המגבלות שהטילה ישראל על גישת פלסטינים להר הבית (פרשת המגנומטרים). יו"ר איחוד חכמי הדת המוסלמים, שייח' יוסוף איינטה ושייח' מוחמד סומו, פרסמו הצהרה, ובה אמרו ש"ההתפתחויות במסגד אל־אקצא […] הן בבחינת הפרת זכויות אדם ופגיעה בחופש התפילה", ופנו לארגונים אסלאמיים בדרישה לכנס מפגש חירום בנושא.
סומלילנד היא מקרה אחר בתכלית. אומנם בעלי דרכון ישראלי אינם מורשים להיכנס למדינה, אך כבר מראשית ימיה חיזרה העילית השלטונית בסומלילנד אחר ישראל וביקשה לכונן עימה יחסים דיפלומטיים, וכך לזכות בהכרה כמדינה עצמאית. במאמר שכותרתו Israel and Somaliland – Long Lost Brothers?, שהתפרסם ב־22 בנובמבר 2018 באתר האינטרנט של רדיו "דסלאן", שמקום מושבו במוגדישו, נכתב שלישראל ולסומלילנד שותפות גורל, ולכן הגיע הזמן ששיכוננו ביניהן יחסים דיפלומטיים – ישראל ניצבת בפני אויבים רבים שאינם מכירים בזכותה להגדרה עצמית, כפי שרוב מדינות העולם אינן מכירות בסומלילנד. בשתי המדינות היה שלטון בריטי, ושתיהן ניצבות לפני כמעט כל מדינות ערב המביעות תמיכה בעמדת הפלסטינים ובעמדת סומליה. למרות זאת, ונגד כל הסיכויים, הצליחו ישראל וסומלילנד לבנות מדינות מצליחות ודמוקרטיות. לפיכך, מלבד העילית השלטונית, גם בעלי השפעה, אקדמאים, אנשי עסקים וארגוני חברה אזרחית בסומלילנד תומכים בכינון יחסים קרובים עם ישראל.
מינואר 2016, עת ניתקו סעודיה ובעקבותיה סומליה, ג'יבוטי וסודאן, את יחסיהן עם איראן והחלה ההתחממות ביחסים בין סעודיה לישראל, מחזרת ישראל אחר המדינות האלה כדי לכונן עימן יחסים דיפלומטיים. האינטרסים הישראליים הם ניסיון לשנות את דפוסי ההצבעה של מדינות אפריקה בפורומים הבין־לאומיים; ניסיון לזכות במעמד של משקיפה, או לכל הפחות של אורחת מוזמנת, באיחוד האפריקני; הרחבת הסחר בינה לבין מדינות אפריקה; בלימת ההשפעה האיראנית באפריקה; סיוע למדינות אפריקה בתחומים כגון חקלאות, פיתוח וביטחון, ולבסוף, ביסוס נוכחות במפרץ עדן ובפתחת ים סוף לנוכח מלחמת האזרחים בתימן והסכנה לנתיבי השייט.
עם זאת, ישראל לא תרצה להיות המדינה הראשונה שתכיר בסומלילנד, ולכן הסבירות שתכונן עימה יחסים דיפלומטיים קלושה. ככל הנראה תסתפק ישראל בקשרים עסקיים עם אנשי עסקים ממדינה זו. שאלת היחסים עם סומליה מורכבת יותר. ועם זאת, לנוכח העובדה שנשיא סומליה מקורב מאוד לקטר ולטורקיה, ולנוכח הרטוריקה האנטי־ישראלית והפרו־פלסטינית הרשמית, סביר להניח שגם סומליה לא תכונן בקרוב יחסים דיפלומטיים עם ישראל.
