סוגיית מעורבותה של יפן במזרח התיכון היא מלכוד פוליטי – מצד אחד, יפן תלויה ביבוא הגז והנפט ממדינות המפרץ, שכן כ־87% מהנפט הגולמי שהיא מייבאת מקורם בערב הסעודית, באיחוד האמירויות, בקטר ובכוויית. מצד שני, במדיניות החוץ שלה תלויה יפן גם בשיקוליה של ארצות הברית, המחויבת לביטחונה במזרח אסיה. תלותו של משק האנרגיה של יפן גבר עקב האסון בתחנת הכוח הגרעינית בפוקושימה ב־2011, שבעקבותיו החליטה ממשלת יפן לצמצם את ייצור החשמל מכּורים גרעיניים. כיום פועלים ביפן רק שמונה כורים חשמליים מתוך 23. יפן נאלצה להגביר את ייצור החשמל בתחנות המשתמשות בגז או בנפט, והיקף יבוא המשאבים האלה עלה בהתאם.
כדי להגן על מיכליות הנפט והגז שלה הקימה יפן בשנת 2011 בסיס צבאי בג'יבוטי שבקרן אפריקה, ובו כוחות קרקעיים ומטוסים צבאיים שנועדו לסייע לבעלת בריתה, ארצות הברית, במלחמה נגד הפיראטים במפרץ עדן. הפרלמנט היפני אף שקל בעבר לפרוס כוחות צבאיים במיצרי הורמוז מחשש שאיראן תחסום את המיצרים או שהצבא האיראני יפזר מוקשים באזור. מעורבותה הצבאית של יפן במזרח התיכון מתבטאת בעיקר בהשתתפותה בכוחות שמירת שלום של האו"ם. יפן שלחה כוחות מצומצמים לסייע לארצות הברית במלחמתה בטליבאן באפגניסטן בין אוקטובר 2001 לינואר 2010, וכן שלחה סיוע לוגיסטי לקואליציה הצבאית בהנהגתה של ארצות הברית בעיראק בשנים 2004‑2006.
אשר לאיראן ופיתוח יכולותיה הגרעיניות, יפן נאלצה לאזן בין האינטרסים של ארצות הברית לבין תלותה בנפט האיראני. עד 2011 הייתה איראן יצואנית הנפט הרביעית בגודלה ליפן, ומקורם של 10% מיבוא הנפט ליפן היה בבארות הנפט האיראניים. כמו כן בזמן חקירות ה־IAEA את תוכנית הגרעין האיראנית קיימה יפן משא ומתן קדחתני עם איראן על פיתוח שדה הזג באזדגאן, ובסופו, ב־2014, חתמה עימה על חוזה של שני מיליארד דולרים. הבנק הלאומי של יפן לפיתוח בין־לאומי הצהיר כי הוא ועוד ארבעה בנקים יפניים (Mitsubishi Tokyo Financial Group, Mizuho Financial Group, Sumitomo Mitsui Financial Group, UFJ Holdings) יתנו הלוואה לחברת הנפט הלאומית האיראנית (Iran's National Iranian Oil Co. – NIOC) לפיתוח שדה הגז הזה. עם זאת, יפן הפחיתה מאוד את יבוא הנפט שייבאה מאיראן עקב הסנקציות האירופיות והאמריקאיות, אך לא הפסיקה אותו לחלוטין.
עקב תלותה האנרגטית באיראן ורצונה לשמור על קשריה הכלכליים עם שלטון האייתולות, שמרה יפן גם על גישה דו־ערכית ביחס ליכולותיה הגרעיניות של איראן. לכל אורך המשא ומתן של המעצמות עם איראן טענה יפן כי זכותה של המדינה להחזיק ביכולות גרעיניות לצורכי שלום, ובד בבד תמכה בעמדת מועצת הביטחון של האו"ם כי על איראן לגלות שקיפות ביחס לתוכנית הגרעין ולהתיר לפקחי סאב"א לבקר באתריה.
אשר לסוריה, יפן ניסתה להתערב בסכסוך הפנימי בנתיבים מדיניים ודיפלומטיים כדי למנוע את זליגתו לשאר מדינות המזרח התיכון, ובמיוחד למפרץ הפרסי. יפן תמכה במדיניות ארצות הברית ומעצמות המערב וקראה להפסקת כל פעילות האלימה של משטר אסד נגד אזרחיו, ועמדה בתנאי משטר הסנקציות של המערב. נציגי הממשלה היפנית השתתפו בישיבות ארגון Friends of Syria וקראו להחלפת שלטון אסד. יפן אף ניסתה לקדם את קשריה הדיפלומטיים עם הנהגת ארגון המורדים הסורים Syrian National Council, וב־2012 הזמינה את נשיא הארגון לפגישה עם שר החוץ היפני. למרות הניסיונות, לא ניכר כי פגישה זו תרמה להכרה העולמית בארגון הסורי.
מלבד מעורבותה הצבאית והכלכלית באזור, ליפן כמה תוכניות סיוע ברחבי המזרח התיכון, בעיקר בסוריה ובעיראק. מאז 2011 תרמה יפן כ־1.1 מיליארד דולר כדי לסייע לפליטים הסורים בסוריה ובמדינות השכנות, בתחומי החינוך, המזון והבריאות – לשיפור התשתיות באזורים שבהם משתכנים הפליטים הסורים בטורקיה, לייצוב כלכלת ירדן בעקבות זרם הפליטים הסורים שהגיע לשטחה, להשבת אזרחים עיראקים שהפכו פליטים בארצם למקום מושבם ולטיפול בעיראקים שנפגעו מהתקפות דאע"ש.
החל משנת 2007 ממשלת יפן מקדמת את פרויקט "מסדרון השלום", מיזם כלכלי ישראלי־פלסטיני־ירדני־יפני בבקעת הירדן. הפרויקט המרכזי של "מסדרון השלום" הוא פארק חקלאי־תעשייתי ביריחו, ובו מפעלים המייצרים תוצרת פלסטינית וממנו מיצאים אותה. לפי התוכניות הפארק להפוך למרכז לוגיסטי אזורי לכל הייצוא הפלסטיני לעולם הערבי, ובמיוחד למדינות המפרץ. כיום יש בפארק תשעה מפעלים, והוא צפוי להתרחב ולכלול 32 מפעלים. בשנים האחרונות התקיימו כמה סבבי שיחות על הרחבתו של פרויקט זה.
יפן היא אחת התורמות הגדולות לרשות הפלסטינית, ובעשור האחרון היא הגבירה את מעורבותה הכלכלית גם בישראל והביעה את רצונה לקדם יציבות אזורית והסכם שלום על בסיס אינטרסים כלכליים. על פי שגרירות יפן בישראל, משנת 1993 ועד היום תרמה יפן כ־1.9 מיליארד דולרים לרשות הפלסטינית. תרומתה נעשית דרך תוכניות סיוע של UNICEF ושל הבנק העולמי, וכמובן דרך השקעות ישירות בפרויקטים מסוימים.
ניכר אפוא שיפן נוקטת בשנים האחרונות מדיניות זהירה במזרח התיכון. ליפן אינטרסים כלכליים אדירים באזור עקב תלות משק האנרגיה שלה במדינות המפרץ, ולכן נקטה מדיניות אמביוולנטית ביחס לאיראן, אך הייתה נוקשה ונחושה יותר במעורבותה בסוריה, שאינה אחת מספקיות הנפט שלה.
