מלחמת האזרחים באלג'יריה שהחלה בשנות התשעים המוקדמות של המאה ה־20, התפתחה בעקבות העמקת הפרקטיקות האנטי־דמוקרטיות והדכאניות כלפי האוכלוסייה. דעיכת האלימות המחרידה בתחילת שנות האלפיים באה על רקע מאמצי פיוס מצד הממשל, הרחבת החופש הפוליטי והחנינה למורדים. נוסף על כך, אלימות קיצונית וחסרת הבחנה נגד אזרחים מצד חלק מהמורדים הובילה לפילוגים בצד המורד ולאובדן הלגיטימציה הציבורית הרחבה שהייתה לו.
להפרת זכויות אדם היה חלק חשוב בהצתת האלימות שהובילה למלחמת האזרחים באלג'יריה. לעומת זאת, מהלכים של הרחבת הדמוקרטיה והזכויות הפוליטיות תרמו לדעיכת האלימות – שלפי חלק מההערכות גבתה את חייהם של למעלה מ־150 אלף אלג'ירים. בסופו של דבר נקט נשיא אלג'יריה דאז עבד אל־עזיז בּוּתפְליקָה כמה מהלכים אמיצים ומפתיעים, והשיג כמה הצלחות מרשימות, ולכן נראה שראוי ללמוד ממקרה הזה.
מלחמת האזרחים החלה במלוא עוזה ב־1991, אבל שורשיה קדומים יותר. באמצע שנות השמונים החל אי־שקט חברתי באלג'יריה. לתסכול היו מספר אדנים: שלטון גנרלים שהגביל את החופש הפוליטי; כלכלה קורסת, במיוחד עקב צניחת מחירי הנפט; קשיים חברתיים שחוותה אוכלוסייה הולכת וגדלה שעברה לערים; וכן זעם על השחיתות שפשתה בשלטון. דור זה היה דור ראשון לאורבניזציה ולהשכלה, אך אלו הובילו להזדמנויות כלכליות זעומות בלבד ולאכזבה.
עם זאת, הצעירים העניים שיצאו למחות לא הצליחו לתרגם את הזעם לכוח פוליטי. לעומת זאת, מהצד האסלאמיסטי התארגנה אופוזיציה לוחמנית למשטר הגנרלים ששלט במדינה. שנים קודם התנכל השלטון האלג'ירי לתנועה האסלאמית הפוליטית פחות כנקמה על אי־תמיכתה בנשיא, ובכך טיפח, בלי כוונה, את התנועה הסאלפית הלוחמנית. האסלאם הפוליטי "גלש" אפוא על גבי התסכול של הצעירים העניים, קנה לעצמו נפשות והתחזק.
כדי לפייס את הזעם הציבורי הכריז הממשל באלג'יריה על רפורמה פוליטית ודמוקרטיזציה. ב־1991 התקיימו בחירות, שבהן זכתה מפלגת "חזית הישועה האסלאמית" (FIS). בתגובה לכך ביטל הצבא, שהיה בסיס התמיכה של המפלגה השלטת, ה־FLN, את תוצאות הבחירות, ולמעשה ביצע הפיכה צבאית. אומנם ה־FIS לא הייתה פרו־דמוקרטית בעצמה, אך גם לא הייתה אחידה – היא הייתה מפלגה הטרוגנית, ערב רב של מי שמאמינים בקו אסלאמי כלשהו. לאחר שהוצאה מחוץ לחוק ורבים מפעיליה נאסרו ואף עונו, עברו חלקים מה־FIS ללוחמת גרילה.
מכאן התגלגל כדור שלג של אלימות והקצנה: לוחמי ה־FIS התמקדו בתקיפת חיילים ושוטרים והמשיכו בדיאלוג עם הממשל, אולם קיצוניים שהתפלגו מהם פעלו באלימות הן נגד הממשל, הן נגד ה־FIS, שנחשבו כעת גם הם לכופרים. הקבוצות הקיצוניות לא בחלו גם בהרג אזרחים תמימים שנראו להם לא אדוקים מספיק. גם מיליצות תומכות המשטר ביצעו זוועות בקרב אוכלוסייה אזרחית, בעיקר באזורים כפריים המזוהים עם תמיכה באסלאמיסטים. בקבוצות המורדים הקיצוניות היו פילוגים נוספים (דינמיקה שאינה זרה לקבוצות העוברות הקצנה), והן איבדו את הלגיטימציה הציבורית שהייתה להן אפילו בקרב תומכי האסלאם הפוליטי במדינה, ולבסוף חברו כמה מהן לאל־קעידה, והיו לקבוצת קצה אלימה מאוד, אך מבודדת חברתית ומצומצמת למדי בהיקפה. למעשה, הזוועות שביצעו חלק מהמורדים ערערו את המחנה המורד, פיצלו ושיסעו אותו, מה שתרם גם כן לדעיכת האלימות. וכך, מתחילת שנות האלפיים עברה המדינה ממלחמה להתמודדות שולית יחסית עם קבוצת טרור מבודדת.
הממשל מצידו הפעיל טקטיקות מגוונות נגד המורדים. הפעלת הצבא לא עזרה, ולכן החל הממשל לנקוט צעדים מגוונים אחרים: ראשית, לאורך שנות הלחימה השכילו הממשלות שלא לפסול את כל המפלגות האסלאמיסטיות. למשל, אף שמפלגת חמאס האלג'ירית, המזוהה עם האחים המוסלמים, ביקרה את הממשל ואת ההפיכה הצבאית נגד ה־FIS, היא לא הוצאה מחוץ לחוק והייתה חלק מהמשחק הפוליטי. כך יכלו אסלאמיסטים מתונים לחוש שיש להם ביטוי פוליטי. שנית, הגנרל והנשיא במחצית השנייה של שנות התשעים, ליאמין זרואל, החל במחוות פיוס ובשחרור חלק ממנהיגי האסלאמיסטים. מדינות זו הועמקה ב־1999 כאשר התקיימו סוף־סוף בחירות במדינה והשיבו לגיטימציה עממית לשלטון. בבחירות נבחר עבד אל־עזיז בותפליקה לנשיא. מרגע היבחרו הציע בותפליקה למורדים האסלאמיסטים חנינה כוללת. פעמיים עלתה ההצעה: ב־1999, עם היבחרו, באמצעות ה־Civil Harmony Law, ושוב ב־2005. בפעם השנייה אושרה היוזמה ברוב מוחץ במשאל עם. החנינה פטרה כל מורד אסלאמיסט שלא היה מעורב בפשעים קשים, הסגיר את עצמו והניח את נשקו, מכל מאסר או ענישה בתנאי שיתוודה על מעשיו. החנינה אף כללה סיוע ושיקום לבני המשפחה של המורדים האלה (או הטרוריסטים, כפי שראה בהם הממשל), ואף פיצוי למי שבני משפחתם נהרגו בידי הצבא. המקבילה לכך היא שישראל תציע חנינה לכל מבוקשי חמאס שלא עסקו ישירות בטרור ותסייע לבני משפחותיהם, או לבני משפחות "השהידים" – אפשר רק לדמיין את הזעם הציבורי שמדיניות כזאת תעורר כאן.
מדיניותו זו הביאה את הנשיא בותפליקה למאבק עם כוחות עם הצבא, שלא רצה לסטות מדיכוי המרד בכוח. העובדה שיוקרתו הציבורית של הצבא נפגעה קשה (עקב הפרות זכויות האדם הנרחבות מצידו), סייעה לבותפליקה לצאת מהמאבק הזה כשידו על העליונה. לבסוף, כפשרה, החקיקה שקודמה העניקה בפועל גם לצבא חסינות דה־פקטו מפני העמדה לדין בגין הזוועות. צעד זה סייע לפיוס הצבא ומנע, ככל הנראה, עימות חריף יותר בינו לבין הנשיא.
אם כן, מדיניות שכללה הרחבה מסוימת של החופש הפוליטי (בחירות), מתן פתח לייצוג פוליטי לאסלאמיסטים מתונים, וכן מדיניות חנינה תמורת הנחת הנשק ושיקום בני משפחה של הצדדים לסכסוך, תרמה רבות לסיום פרק אפל ורצחני במיוחד בהיסטוריה המודרנית של המגרב. נלוו למדיניות זו גם צעדים ראשונים מצד בותפליקה לדיאלוג עם ארגוני חברה אזרחית, וכן תחילה של רפורמה במערכת המשפט, חיזוק עצמאותה וחיזוק מחויבות המדינה לאמנות בין־לאומיות הנוגעות לזכויות האדם. אפשר לטעון כי גם הפעלת הכוח הצבאי תרמה להצלחה זו – ומנגד גם חיזקה את המחנה הגי'הדיסטי בשל מעשי זוועה שביצעו הצבאו ומיליציות המזוהות עימו – אבל ספק אם מדיניות החרב לבדה הייתה מצליחה להביא לשקיעתה של האלימות.
